Τη μακρά περίοδο της Νεολιθικής εποχής διαδέχτηκε η Μινωική περίοδος. Ο Άρθουρ Έβανς, ο αρχαιολόγος που διενέργησε τις ανασκαφές στο Παλάτι της Κνωσού, ονόμασε αναδρομικά αυτή την εποχή Μινωική από το μυθικό κυβερνήτη της Κνωσού, το βασιλιά Μίνωα. Αυτή η περίοδος διάρκεσε περίπου 1.500 χρόνια και αποτέλεσε τη «Χρυσή Εποχή» της Κρήτης. Ο Έβανς χώρισε τη Μινωική εποχή σε Πρωτομινωική (3000-2000 π.Χ.), Μεσομινωική Ι και ΙΙ (2000 – 1600 π.Χ.), Μεσομινωική ΙΙΙ, Υστερομινωική Ι και ΙΙ (1700 – 1400 π.Χ.) και Υστερομινωική ΙΙΙ (1400 – 1100 π.Χ.).
Οι Μινωίτες κυβέρνησαν εκτός από την Κρήτη και άλλα νησιά του Αιγαίου, καθώς και αρκετές πόλεις της ενδοχώρας. Οι κατοικίες των σπηλαίων της προηγούμενης εποχής δίνουν τη θέση τους σε πιο προηγμένα κτίσματα ενώ η αρχιτεκτονική της υστερομινωικής περιόδου αγγίζει την τελειότητα. Τότε είναι που δημιουργούνται τα εντυπωσιακά ανάκτορα της Κνωσού, της Φαιστού, των Μαλίων και της Ζάκρου που διατηρούνται μέχρι τις μέρες μας.
Αυτή την περίοδο, ο Μινωικός στόλος κυριαρχεί στη Μεσόγειο παρέχοντας πλούτο στο νησί από το εμπόριο και προσφέροντας ταυτόχρονα προστασία από επίδοξους κατακτητές. Η κοινωνία των Μινωιτών ήταν ειρηνική, με τους άνδρες και τις γυναίκες να έχουν τα ίδια δικαιώματα. Γύρω από τις μινωικές πόλεις δε υπάρχουν ευρήματα οχύρωσης, καθώς όπως φαίνεται η πολυετής ειρήνη και η κυριαρχία του Μινωικού στόλου, είχαν δημιουργήσει αίσθημα ασφάλειας στους κατοίκους του νησιού. Γύρω στο 1700 π.Χ. ένας μεγάλος σεισμός έπληξε την Κρήτη καταστρέφοντας μεταξύ άλλων τα παλάτια. Ο μινωικός πολιτισμός ξεπερνά τις ζημιές και συνεχίζει να ακμάζει ανοικοδομώντας νέα ανάκτορα. Λίγους αιώνες αργότερα όμως, γύρω στο 1450 π.Χ., ένα νέο κύμα καταστροφής βρίσκει την Κρήτη προκαλώντας ακόμη μεγαλύτερης έκτασης ζημιές. Σύμφωνα με εκτιμήσεις η καταστροφή αυτή οφείλεται σε έκρηξη του ηφαιστείου της Σαντορίνης. Τα παλάτια δέχθηκαν βαρύτατο πλήγμα, ο μινωικός στόλος χάθηκε, οι οικισμοί ισοπεδώθηκαν και ο πληθυσμός ελαττώθηκε δραματικά. Την ίδια περίοδο μετανάστευσαν στην Κρήτη Μυκηναίοι Έλληνες (Αχαιοί) από την Πελοπόννησο. Δεν είναι βέβαιο αν υπήρξε μαζική εισβολή στο χτυπημένο νησί ή αν έγινε μια σταδιακή μετανάστευση που κράτησε κάποια χρόνια και υποστηρίχθηκε από γάμους μεταξύ των βασιλικών οικογενειών. Οι αλληλεπιδράσεις μεταξύ των Μινωιτών και των Μυκηναίων δημιούργησαν πάντως ένα κράμα στους τομείς του πολιτισμού και της τέχνης, ενώ νέες πόλεις και παλάτια δημιουργήθηκαν στη δυτική Κρήτη.
Σημαντικές μινωικές θέσεις εντοπίζονται σε αρκετές τοποθεσίες του Δήμου Μινώας Πεδιάδας όπως η Αρχαία Ίνατος, η Αρχαία Πρίανσος στο αρχαιολογικό χώρο Καστέλλου, η αρχαία Αρκαδία, η αρχαία Λύττος, το μινωικό ανάκτορο στον Γαλατά, ο Μινωικός οικισμός στο Νιπήδητο και σπήλαιο της Ινατίας Ειληθύιας.
