Στην κορυφή του λόφου προφήτη Ηλία στο Σμάρι, οι ανασκαφές της αρχαιολόγου Χατζή-Βαλλιάνου, έφεραν στο φως μια πολύ σημαντική αρχαιολογική θέση. Πρόκειται για έναν οικισμό οποίος αναπτύσσεται γύρω από μια ακρόπολη και ταυτίζεται, κατά την ανασκαφέα, με την ομηρική πόλη Λύττο. Τα αρχιτεκτονικά κατάλοιπα του χώρου αυτού, επιβεβαιώνουν τη συνεχή και μακραίωνη χρήση του, από τη Μεσομινωική μέχρι και την Ανατολίζουσα εποχή (1800 π.Χ – 630 .Χ.), ενώ διακρίνονται και διαφορετικές οικοδομικές φάσεις.

Στο ψηλότερο σημείο του λόφου, δεσπόζει η Ακρόπολη Σμαρίου, η οποία περιλαμβάνει ισχυρό περίβολο που περικλείει τρία παράλληλα επιμήκη οικοδομήματα, κτισμένα τύπο του μεγάρου. Γύρω από αυτά παρατηρούνται, προσαρτημένα στην εσωτερική πλευρά του τοίχου, αύλειοι χώροι και βοηθητικά κτίσματα. Στο βόρειο τμήμα της ακρόπολης εντοπίζεται Ιερός Οίκος αφιερωμένος στην Αθηνά Εργάνη, εντός του οποίου τα πήλινα πλακίδια που έχουν βρεθεί, με τη θεά ανάγλυφη , αποτελούν τις παλαιότερες σωζόμενες αναπαραστάσεις της Αθηνάς στην Κρήτη. Ο χώρος αυτός, φαίνεται ότι αποτελούσε διοικητικό κέντρο και κατοικία του ηγεμόνα του οικισμού την περίοδο της Υστερομινωικής και Γεωμετρικής/Ανατολίζουσας εποχής.

Περιμετρικά των κτιρίων της κορυφής του λόφου απλώνεται οικισμός, στο εσωτερικό δευτέρου περιβόλου με Δίπυλο μυκηναϊκού τύπου, το οποίο που συνδέεται με την ακρόπολη μέσω λιθόστρωτης οδού. Η τελευταία έχει σήμερα ενσωματωθεί στο σύγχρονο διάδρομο πρόσβασης του αρχαιολογικού χώρου. Έξω από το δεύτερο τοίχο, παρατηρούνται μεγαρόσχημα υστερομινωικά κτίρια, τα οποία έχουν ταυτιστεί με αποθηκευτικούς χώρους και εργαστήρια.

Η ακρόπολη και ο οικισμός της Κορυφής του προφήτη Ηλία, εγκαταλείφθηκαν σταδιακά προς το τέλος του 7^ου αι.π.Χ., ενώ ο πληθυσμός φαίνεται ότι μετακινήθηκε στις πεδινές εκτάσεις του Σμαριανού κάμπου και στους χαμηλούς λόφους της γύρω περιοχής.