Το 1898 σχηματίστηκε Κρητική κυβέρνηση στο νησί με ανώτατο κυβερνήτη τον Πρίγκιπα Γεώργιο, νεότερο γιο του βασιλιά της Ελλάδας Γεώργιου. Ο στόχος όμως των περισσότερων Κρητικών παρέμεινε η ένωση με την Ελλάδα. Υπήρχαν αρκετές αντιδράσεις κάθε φορά που ο ανώτατος κυβερνήτης επέβαλλε περιορισμούς στις ανθρώπινες ελευθερίες ή άλλαζε τις μεθόδους διοίκησης.
Αυτό το άσβηστο επαναστατικό πνεύμα οδήγησε στην «Επανάσταση του Θερίσου» το 1905. Αρχηγός της επανάστασης ήταν ο Ελευθέριος Βενιζέλος, ο οποίος είχε πολεμήσει στους τελευταίους αγώνες για την ανεξαρτησία και είχε διοριστεί Υπουργός Δικαιοσύνης από τον Πρίγκιπα Γεώργιο. Η επανάσταση δεν κράτησε πολύ, η υποστήριξη όμως στον Βενιζέλο ήταν τόσο ισχυρή ώστε ο Πρίγκιπας Γεώργιος αναγκάστηκε να υποβάλλει παραίτηση.
Οι Μεγάλες Δυνάμεις απέσυραν τις στρατιωτικές δυνάμεις τους από την Κρήτη, ο ανώτατος διοικητής αποχώρησε και διενεργήθηκαν εκλογές από τις οποίες νικητής βγήκε ο Βενιζέλος. Όταν ο «Στρατιωτικός Σύνδεσμος» της Αθήνας ήρθε στην εξουσία ζητήθηκε από το Βενιζέλο να γίνει πρωθυπουργός της Ελλάδας.
Η πολυπόθητη ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα πραγματοποιήθηκε το 1913, όταν με τη Συνθήκη του Λονδίνου, ο Σουλτάνος Μωχάμετ ΙΙ παραιτήθηκε των δικαιωμάτων του από το νησί.
Ανεξαρτησία της Κρήτης και ένωση με την Ελλάδα
