Άραβες (Σαρακηνοί) κατέκτησαν το νησί το 824 μ.Χ. καταστρέφοντας την πρωτεύουσα Γόρτυνα και χτίζοντας μια νέα στη θέση του σημερινού Ηρακλείου. Στην περιφέρεια γύρω από τη νέα πρωτεύουσα έχτισαν μια τάφρο (Χάνδακα) και τη βάφτισαν El Khandak.

Έτσι ξεκίνησε η Αραβική διακυβέρνηση που κράτησε ενάμιση αιώνα, κατά τη διάρκεια του οποίου η Κρήτη έγινε το κέντρο των Σαρακηνών πειρατών στην ανατολική Μεσόγειο. Ο ντόπιος χριστιανικός πληθυσμός εκδιώχτηκε από τις μεγάλες πόλεις αλλά εξακολούθησε να επιβιώνει, ειδικά στις περιοχές των βουνών.