Ο στρατηγός του Βυζαντίου Νικηφόρος Φωκάς απελευθέρωσε την Κρήτη από την Αραβική κατοχή κατά το 961 μ.Χ.. Το Ηράκλειο έπεσε στα χέρια των Βυζαντινών μετά από πολιορκία τεσσάρων μηνών, κατά τη διάρκεια της οποίας οι Άραβες είχαν περίπου 200.000 νεκρούς. Ο Χριστιανισμός άνθισε και πάλι, το Ηράκλειο έγινε έδρα του αρχιεπισκόπου ενώ εκκλησίες και μοναστήρια χτίστηκαν σ’ όλο το μήκος του νησιού. Πολλές εκκλησίες αυτής της περιόδου σώζονται σε όλο το νησί. Στη Μινώα Πεδιάδα εντοπίζονται αρκετές εκκλησίες αυτής της περιόδου, από τις οποίες οι πιο σημαντικές είναι οι ακόλουθες:
- Ο Ναός του Σωτήρος Χριστού στους Κασσάνους που χτίστηκε γύρω στο 1260 στη θέση αρχαιότερης εκκλησίας.
- Βυζαντινό Μοναστήρι Αγίας Παρασκευής, Ταξιαρχών και Αγίου Μάρκου στο Δεμάτι
- Ναός Αγίας Κυριακής στους Κασσάνους
- Ναός Παναγιάς στο Σαμπά
- Ναός Αγίου Παντελεήμονα στο Μπιτζαριανό που η αρχική του φάση χρονολογείται στον 11ο αιώνα μ.Χ.
Επίσης σύμφωνα με μη επιβεβαιωμένες μαρτυρίες η Μονή Αγκαράθου ανεγέρθηκε το 10ο αιώνα από τον ίδιο το Νικηφόρο Φωκά. Την περίοδο αυτή εγκαταστάθηκαν στο νησί οικογένειες ευγενών του Βυζαντίου καθώς και πολλοί από τους στρατιώτες του Νικηφόρου Φωκά, οι οποίοι έχτισαν νέα χωριά.
