Η Κρήτη τελούσε υπό συνεχή απειλή Τουρκικής εισβολής κατά τη διάρκεια των τελευταίων χρόνων της Βενετοκρατίας. Στο τέλος του 1648, ο Τούρκος Αυτοκράτορας Οττομάν είχε υπό τον έλεγχό του ολόκληρη την Κρήτη εκτός το Ηράκλειο, του οποίου η πολιορκία κράτησε εικοσιένα χρόνια. Τελικά στις 27 Σεπτεμβρίου 1669, το Ηράκλειο παραδόθηκε. Η ηρωική μάχη στοίχισε τη ζωή 117.000 Τούρκων και περίπου 30.000 Κρητών και Βενετών.
Απίστευτη καταστροφή ακολούθησε την κατάκτηση. Εκκλησίες λεηλατήθηκαν ενώ άλλες μετατράπηκαν σε τζαμιά. Ακόμα και δρόμοι και σπίτια υπέκυψαν στην καταστροφική μανία του κατακτητή. Οι συνθήκες σκλαβιάς οδήγησαν σε συνεχείς σχεδόν εξεγέρσεις εναντίον των Τούρκων. Ο Δασκαλογιάννης ηγήθηκε της πρώτης μεγάλης εξέγερσης το 1770. Η εξέγερση ήταν επιτυχής αρχικά αλλά τελικά καταπνίγηκε από τις Τουρκικές δυνάμεις.
Το 1821, όταν ξέσπασε η Ελληνική Επανάσταση, η Κρήτη συμμετείχε δυναμικά. Οι Τούρκοι ζήτησαν βοήθεια από τον Πασά της Αιγύπτου και τα στρατεύματά του έκαμψαν την αντίσταση του νησιού. Το 1832 ιδρύθηκε το Ελληνικό Κράτος, το οποίο όμως δεν περιλάμβανε την Κρήτη και το νησί πέρασε στα χέρια των Αιγυπτίων σαν αναγνώριση για τη βοήθειά που οι τελευταίοι προσέφεραν στους Τούρκους.
Η μεγάλη Κρητική Επανάσταση ξέσπασε το 1866 υποβοηθούμενη από εθελοντές και ενισχύσεις από όλη την ελεύθερη Ελλάδα. Αρχικά οι επαναστάτες σημείωσαν μια σειρά από συνεχείς νίκες. Καθώς όμως όλο και περισσότερες Τουρκικές δυνάμεις αποβιβάζονταν στο νησί, τα αντίποινα έγιναν σκληρότερα και επιβάλλονταν πιο συχνά, ακόμα και σε άτομα που δε συμμετείχαν στις επαναστάσεις. Τελικά, μετά από χρόνια σκληρών αγώνων οι Μεγάλες Δυνάμεις (Βρετανία, Γαλλία, Ιταλία και Ρωσία) αποφάσισαν ότι η Τουρκία δεν μπορούσε πλέον να ελέγχει την Κρήτη και παρενέβησαν, έτσι ώστε οι Τουρκικές δυνάμεις εκδιώχθηκαν το 1898 και διακηρύχτηκε η ανεξαρτησία της Κρητικής Δημοκρατίας.
Λίγα είναι τα στοιχεία που μαρτυρούν την τουρκική κατοχή στην περιοχή του Μινώα Πεδιάδας, καθώς μετά την απελευθέρωση τα περισσότερα τουρκικά κτίσματα καταστράφηκαν. Εντούτοις διασώζονται κάποια κατάλοιπα της περιόδου όπως το Χάνι Μούλεφε, το 1ο δημοτικό σχολείο Πατσίδερου και ο πρίνος του Ισμαήλ Πασά στη θέση “Μετόχι” του οικισμού Μαθιά.
